Вопрос не такой простой. Затрагивает в том числе и общие принципы каталогизации, по которым нет единого мнения.
Если говорить о всём массиве знаков (не только о приведённых - подход должен быть по возможности универсальным) , то можно порассуждать:
- Знак с надпечаткой чаще всего является не разновидностью "донора", а становится самостоятельным типом - надпечатка означает по сути смену эмитента (регистрация и т.п.).
А теперь ответьте себе на вопрос, абстрагируясь о том, что это надпечатка и представляя новый знак как единое целое - стали ли бы Вы каталогизировать знак как минимум с разным цветом шрифта?
Понимая, что в то время какая была бумага или краска - такую и использовали, и то, что камень, с которого печатали большинство бон Гражданской войны, время от времени подправляли - то есть слегка менялось клише - форма букв и т.д.
Отвечая положительно и каталогизируя типографский знак с разным цветом фона и шрифта и с различным написанием букв (цифр), логично поступать так и со знаками, эмитированными не "типографским" способом.
Другое дело, что отношение к подобным знакам даже у классиков слегка - даже не знаю, какое слово подобрать - "пренебрежительное" что ли - чаще всего просто упоминают: дескать "печать красного или черного цвета"; или - "различия в тексте печати...", не выделяя в отдельную разновидность или вариацию.